就像《尼尔：机械纪元》二周目刷新了小岛秀夫对多周目游戏的认识一样，《尼尔：机械纪元》也给一众玩家带来惊喜和震撼。
并让绝大多数玩家，不再像对待一般多周目游戏（即只玩一周目)那样对待《尼尔：机械纪元》。
纷纷开启二周目。
“二周目，终于完成了。”
闲方伸了个懒腰，颇有成就感。
直播间里的弹幕也是纷纷祝贺：二周目通关撒花！
虽然是同一个故事，但是二周目的【9S】视角，让玩家们从另一个角度体有了大有不同的体验。
游戏剧情和设定，让一位位玩家感叹游戏制作人的才华横溢。
在一二周目里，玩家能够了解到这个世界因为【外星人】入侵，创造出了机械生命体发动侵略，科技衰败后的人类造出了【人造人】，与敌人战斗。
因为机械生命体的飞速进化，人类也失去家园【地球】，仅存的人类被迫移步到【月球】，建立了【月面议会】，指挥【人造人】与【外星人】、【机械生命体】作战。
为了夺回地球，【人造人】和【机械生命体】战斗不断。
《尼尔：机械纪元》里的主线故事，围绕着【2B】和【9S】的调查任务展开。
在任务中，【2B】和【9S】发现了外星人的遗骸。
从【亚当】和【夏娃】（一二周目的最终BOSS）口中得知了人类的敌人【外星人】全灭的信息。
不仅灭绝了，而且是被他们的造物【机械生命体】消灭的。
这让玩家一阵唏嘘。
但在二周目的【疯狂的宗教】篇，【9S】发现了人类议会是寄叶计划中的一部分，这无疑是不符合逻辑的。
协助【2B】击败敌人后，【9S】被司令官【怀特】找上，并佐证了他的猜想：人类已经灭亡。