卫所大多都控制在五军都督府手中，五军都督府基本又控制在勋贵手中。
除五军都督府左都督张世泽外，京师很多勋贵利益因为废除卫所受到极大打击。
在五军都督府外，还有二十六卫所隶属于皇帝亲军。
亲军卫一共二十六个，其中明太祖设了十二个。
分别是锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫、羽林左右卫、府军卫、府军左右前后卫、虎贲左卫。
明成祖朱棣增设了十個，分别是金吾左右卫、燕山左右前卫、羽林前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫。m.ζíＮgＹúΤxＴ.иεΤ
明宣宗增设了四个，分别腾骧左右卫、武骧左右卫。
这二十六个卫不归五军都督府管理，而是直接隶属于皇帝管理。
但大部分指挥使和千户都是京师勋贵担任。
后来腾骧左右、武骧左右四个卫成了御马监掌管的部队。
按道理说，卫所要么归皇帝管，要么归五军都督府管。
但是，有那么几个卫，既不是上直亲军卫，又不归五军都督府管辖。
相当于皇帝直接管理的普通卫所，有三种。
六个匠卫
武功左中右三卫、永清左右二卫、彭城卫。这六个卫都是军匠手艺人。
十五个皇陵卫
长陵卫、献陵卫、景陵卫、裕陵卫、茂陵卫、泰陵卫、康陵卫、永陵卫、昭陵卫、定陵卫、庆陵卫、德陵卫。
朱慈烺准备将三个工匠卫并入兵仗局，另外三个卫搬回京师依然归工。